TUGAS BIOINFORMATIKA
PENDAHULUAN
Bioinformatika berasal dari bahasa Inggris yaitubioinformatic yang artinya ilmu yang mempelajaritentang penerapan teknik komputasional untukmengelola dan menganalisa informasi biologis.Sepanjang sejarahnya, eksperimen biologi molekulartelah mengumpulkan banyak sekali data ekspresigenetis. Dalam konteks kedokteran, data-data tersebutdiambil dari sampel pasien
Data dalam jumlah banyak tersebut, perlu diolahmenjadi informasi yang berguna. Bioinformatikabertugas untuk mengolah data-data genetis tersebut,menjadi informasi yang berguna secara kedokteran.
Data-data tersebut tertampung dalam GenBank.GenBank merupakan database sekuen genetik, semuasekuen DNA teranotasi dan tranlasinya yangdipublikasikan di seluruh dunia ada di sini. Data padaGenBank selalu bertambah setiap saat. GenkBank merupakan kolaborasi Database Sekuen NukleotidaInternasional yang terdiri atas NCBI.
NCBI adalah (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi sebagaisumber informasi perkembangan biologi molekuler.Data-data yang dapat diperoleh antara lain, datamengenai DNA & RNA, gen, ekspresi gen, obat-obatan, literatur, taksonomi, dan lain sebagainya.Software yang dapat didownload dari NCBI antaralain, BLAST, Cn3D, COBALT dan lain sebagainya.
Blast merupakan mencari suatu persamaan gen yang erat antara suatu species dengan species yang lain.
Expassy merupakan implementasi dari prinsipdogma sentral yaitu tools translate. Tools ini berfungsiuntuk menterjemahkan kode DNA, menjadi Protein.Aplikasi tersebut telah memiliki daftar kodon, yangmerupakan tabel konversi DNA ke Protein.
1.
Menemukan rangkaian nukleotida danasam amino
.
Tujuan :
Untuk menemukan dan mendapatkan kembalirantai nukleotida Human RBP4 dari NCBIGenbank
.
Cara Kerja :
-
Buka situshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
-
Masukkan accession number NM_006744
.
Hasil :
-
Halaman awal rantai nukleotida yangdimasukkan accession numbernya
-
Rantai gi yang didapatkan :
Gen ini termasuk RBP4, mRNA. Denganpanjang 941 bp, dengan locus yaituNM_006744. Termasuk dalam golongan HomoSapiens (human).
-
Graphics
-
Fasta nukleotida
Rantai ini termasuk dalam mRNA karenatidak terdapat intron, dimana intron termasuktidak adanya kode genetik, tetapi Yang terdapatexon. Dapat di lihat di highlight sequence. Padarangkaian diatas juga didapatkan rangkaianpolyA-tail yang menandakan mRNA.
.
Kesimpulan :
Accession number NM_006744 termasuk RBP4, mRNA. Dengan panjang 941 bp, memiliki 6 exon. Rantai ini termasuk dalam mRNA karenatidak terdapat intron, dimana intron termasuktidak adanya kode genetik, tetapi Yang terdapatexon. Dapat di lihat di highlight sequence. Padarangkaian diatas juga didapatkan rangkaianpolyA-tail yang menandakan mRNA.
2.
Mengidentifikasi gen-gen pada DNAgenom manusia
.
Tujuan :
Mengidentifikasi gen dalam sebuah rangkaianDNA menggunakan NCBi GenBank dan GenscanPrediction Tool.
.
Cara Kerja :
-
Buka halaman genbank pada alamat http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
-
Masukkan accession number AF019413
-
Perhatikan exon dan intron yang terdapat padaurutan nukleotida
-
Perhatikan urutan nukleotida mulai daripasangan basa ke 66500 sampai akhir
-
Buka GenScan prediction tool pada alamathttp://argonaute.mit.edu/GENSCAN.html lalucopy fasta yang didapat dari GenBank (mulaidari pasangan basa ke 66500 sampai akhir) kekolom yang tersedia
.
Hasil :
Memiliki panjang 109646 bp. Termasuk DNA dan memiliki exon 162
3.
Mengidentifikasi urutan serupa dalamspesies lain: Pan troglodytes
.
Tujuan :
untuk mengidentifikasi dan mengambil urutanyang sangat mirip dengan urutan RBP4 manusiadalam spesies lain, misalnya Pan troglodytes.Dan menghasilkan tampilan dot matrix, danmembayangkan kesamaan antara kedua urutan.
.
Cara Kerja :
-
Buka NCBI blastn pada alamathttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
-
Gunakan urutan nukleotida human RBP4sebagai query sequence
-
Klik “run blast”
.
Hasil :
4.
Mentranslate nukleotida jadi asam amino
.
Tujuan :
Untuk menerjemahkan urutan nukleotida-nukleotida dari human RBP4 menjadi urutanasam amino
.
Cara Kerja :
-
Terjemahkan urutan nukleotida dari human RBP4 ke urutan asam amino denganmenggunakan Expasy Tranlation Tool yangtersedia pada alamathttp://web.expasy.org/translate/
-
Masukkan urutan nukleotida pada kolom yangtersedia
-
Untuk perbandingan, gunakan terjemahanasam amino dari Genbank
-
Gunakan NCBI blastn untuk mengontraskanantara translasi asam amino genbank ataupuntranslasi expasy
.
Hasil :
RLPRSTRARTRRPGLRAVPLPVGGFLGKMKWVWALLLLAALGSGRAERDCRVSSFRVKEN
FDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSATAKGRVRLLNNWDVCADMV
GTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTYAVQYSCRLLNLDGTCADSYS
FVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVHNGYCDGRSERNLL-QYQESSFI-E
LLISSQSSALFILGV-FALLSPSSLSSHKTFITHKDTRGGQ-ICLPFLKVSGA-DSRL-F
IKL-SPVSCEKKK
ASLAPRAPGLGGQACARFPSRWADSWAR-SGCGRSCCWRRWAAAARSATAE-AASESRRT
STRLASLGPGTPWPRRTPRASFCRTTSSRSSPWTRPAR-APQPRAESVF-ITGTCAQTWW
APSQTPRTLPSSR-STGA-PPFSRKEMMTTGSSTQTTTRMPCSTPAAS-TSMAPVLTATP
SCFPGTPTACPQKRRRL-GSGRRSCAWPGSTG-SSTTVTAMADQKETFCSNIKNLVSSEN
F-LALSLQLYLS-EFNLPFSPHLPSVPIKPSLHIKIHVGVSESACLS-KFLGLKIPDSDS
LNYSHPCPVKKKK
PPSLHARPDSAARLARGSPPGGRIPGQDEVGVGALAVGGAGQRPRGARLPSEQLPSQGEL
RQGSLLWDLVRHGQEGPRGPLSAGQHRRGVLRGRDRPDERHSQGPSPSFE-LGRVRRHGG
HLHRHRGPCQVQDEVLGRSLLSPERK--PLDRRHRLRHVCRAVLLPPPEPRWHLC-QLLL
RVFPGPQRPAPRSAEDCKAAAGGAVPGQAVQADRPQRLLRWQIRKKPFVAISRI-FHLRT
SD-LSVFSSIYLRSLICPSLPIFPQFP-NLHYT-RYTWGSVNLLAFPESFWGLRFQTLIH
-TIVTRVL-KKKK
FFFFSQDTGDYSLMNQSLES-APETFRKGKQIH-PPRVSLCVMKVLWELREDGERRAN-T
PKINRAED-ELIRSSQMKLDS-YCYKRFLSDLPSQ-PLWTISLYCLARHSSSCRCLTIFC
ASGGRPLGSRENTKE-LSAQVPSRFRRRQEYCTAYVS-SVSTIQWSSFPFWRKEATPQYF
ILNLAGSSVSVKVPTMSAHTSQLFKRRTRPLAVALIWPVSSTENSATMLSCRKRPSGSFL
AMAYQVPEKRALSKFSLTRKLLTRQSRSARPLPSAANSKSAHTHFILPRNPPTGRGTARK
PGRRVRARVERGR
FFFFHRTRVTIV--IRVWNLKPQKLSGKASRFTDPHVYLYV--RFYGN-GKMGREGQIKL
LR-IELKTES-SEVLR-N-ILDIATKGFFLICHRSNRCGRSACTAWPGTAPPAAALQSSA
LLGAGRWGPGKTRRSSCQHRCHRGSGGGRSTARHTCRSLCRRSSGHHFLSGERRLRPSTS
S-TWQGPRCL-RCPPCLRTRPSYSKDGLGPWLWRSSGRSRPRRTPRRCCPAERGPRGPSW
PWRTRSQRSEPCRSSP-LGSCSLGSRAPRGRCPAPPTARAPTPTSSCPGIRPPGGEPRAS
LAAESGRAWSEGG
FFFFTGHG-L-FNESESGILSPRNFQERQADSLTPTCIFMCNEGFMGTEGRWGEKGKLNS
-DK-S-RLRANQKFSDETRFLILLQKVSF-SAIAVTVVDDQPVLPGQAQLLLPLPYNLLR
FWGQAVGVPGKHEGVAVSTGAIEVQEAAGVLHGIRVVVCVDDPVVIISFLEKGGYAPVLH
LELGRVLGVCEGAHHVCAHVPVIQKTDSALGCGAHLAGLVHGELRDDVVLQKEALGVLLG
HGVPGPREASLVEVLLDSEAAHSAVALRAAAAQRRQQQERPHPLHLAQESAHREGNRAQA
WPPSPGARGAREA
5.
Memprediksi fungsi protein
.
Tujuan :
Untuk memprediksi protein domain / motifdari urutan asam amino human RBP4
.
Cara Kerja :
1.
Gunakan Prosite untuk memprediksi fungsiprotein dari urutan asam amino human RBP4
2.
Buka Prosite pada alamathttp://au.expasy.org.prosite
.
Hasil :
Score = 503 bits (272), Expect = 8e-140
Identities = 276/278 (99%), Gaps = 0/278 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 652 GGTTACTGCGATGGCAGATCAGAAAGAAACCTTTTGTAGCAATATCAAGAATCTAGTTTC 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 712 ATCTGAGAACTTCTGATTAGCTCTCAGTCTTCAGCTCTATTTATCTTAGGAGTTTAATTT 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 772 GCCCTTCTCTCCCCATCTTCCCTCAGTTCCCATAAAACCTTCATTACACATAAAGATACA 831
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Query 832 CGTGGGGGTCAGTGAATCTGCTTGCCTTTCCTGAAAGTTTCTGGGGCTTAAGATTCCAGA 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 892 CTCTGATTCATTAAACTATAGTCACCCGTGtcctgtga 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Features in this part of subject sequence:
Score = 381 bits (206), Expect = 4e-103
Identities = 212/215 (99%), Gaps = 0/215 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 440 ATGATGACCACTGGATCGTCGACACAGACTACGACACGTATGCCGTGCAGTACTCCTGCC 499
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Query 500 GCCTCCTGAACCTCGATGGCACCTGTGCTGACAGCTACTCCTTCGTGTTTTCCCGGGACC 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 560 CCAACGGCCTGCCCCCAGAAGCGCAGAAGATTGTAAGGCAGCGGCAGGAGGAGCTGTGCC 619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 620 TGGCCAGGCAGTACAGGCTGATCGTCCACAACGGT 654
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Features in this part of subject sequence:
Score = 254 bits (137), Expect = 9e-65
Identities = 137/137 (100%), Gaps = 0/137 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 196 TTCTCTGGGACCTGGTACGCCATGGCCAAGAAGGACCCCGAGGGCCTCTTTCTGCAGGAC 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 256 AACATCGTCGCGGAGTTCTCCGTGGACGAGACCGGCCAGATGAGCGCCACAGCCAAGGGC 315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 316 CGAGTCCGTCTTTTGAA 332
|||||||||||||||||
Features in this part of subject sequence:
Score = 239 bits (129), Expect = 2e-60
Identities = 135/138 (98%), Gaps = 0/138 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 58 CTCCCGGTGGGCGGATTCCTGGGCAAGATGAAGTGGGTGTGGGCGCTCTTGCTGTTGGCG 117
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Query 118 GCGCTGGGCAGCGGCCGCGCGGAGCGCGACTGCCGAGTGAGCAGCTTCCGAGTCAAGGAG 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 178 AACTTCGACAAGGCTCGC 195
||||||||||||||||||
Features in this part of subject sequence:
Score = 204 bits (110), Expect = 9e-50
Identities = 117/120 (98%), Gaps = 1/120 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 325 CTTTTG-AATAACTGGGACGTGTGCGCAGACATGGTGGGCACCTTCACAGACACCGAGGA 383
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 384 CCCTGCCAAGTTCAAGATGAAGTACTGGGGCGTAGCCTCCTTTCTCCAGAAAGGAAATGA 443
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Features flanking this part of subject sequence:
Score = 119 bits (64), Expect= 3e-24
Identities = 66/67 (99%), Gaps = 0/67 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 CGCCTCCCTCGCTCCACGCGCGCCCGGACTCGGCGGCCAGGCTTGCGCGCGGTTCCCCTC 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Query 61 CCGGTGG 67
|||||||
No comments:
Post a Comment